La acreditación institucional y la acreditación de programas académicos son complementarias. Su complementariedad consiste en que la acreditación institucional se orienta hacia la institución como un todo, mientras la de programas considera a estos últimos como partes integrales de las instituciones. Si bien el todo, es decir la institución, es más que la suma de las partes, es decir, de los programas, son éstos sus componentes fundamentales. Por ello, la acreditación de programas debe fortalecer la institucional y ésta a su vez debe estimular la de programas.

Así como la acreditación por programas ni busca ni logra hacer un examen exhaustivo de la calidad de la institución, la acreditación institucional no constituye un análisis riguroso y completo de sus programas académicos. Sin duda, una acreditación institucional no es posible allí donde se ofrecen programas de calidad insuficiente. Pero, en la práctica, es posible que algunas instituciones de alta calidad presenten cierta heterogeneidad en el nivel de desarrollo de sus programas.

Situaciones de este tipo se hacen cada vez más improbables en la medida en la cual se fortalece la cultura de la evaluación, pero la acreditación de programas existe en muchos países paralelamente con la acreditación institucional porque responde a exigencias distintas y tiene interlocutores diferentes. Lo que hace importante la existencia de ambos tipos de acreditación es su carácter complementario y la necesidad de desarrollar estrategias múltiples para el logro de la máxima calidad.

Por ello, los estímulos que se definen para la acreditación institucional no son los mismos que se ofrecen para la acreditación de programas. La acreditación institucional no sustituye la acreditación de programas. Antes bien, dadas las analogías entre los dos tipos de acreditación, y el hecho de que parte importante de la información recogida satisface las exigencias de ambas acreditaciones, la acreditación institucional cuenta en buena medida con la experiencia y el trabajo realizado hasta ahora por las instituciones de educación superior para la acreditación de programas, pero no reemplaza esa acreditación puesto que obedece a razones y a puntos de vista diferentes. En algunos casos, la acreditación institucional partiría de la prolongación y ampliación de una tarea exigente y valiosa que se ha venido llevando a cabo con idoneidad, responsabilidad y transparencia para la acreditación de programas de pregrado.